Foi criada pelo do Decreto n.º 56 de 1.º de março de 1952, do Prefeito Municipal Benedito Therézio de Carvalho Jr. , como Escola Mista Municipal e suas atividades foram iniciadas no mesmo ano nas dependências do Pavilhão da Igreja São Francisco.
Pelo Decreto n.º 125 de 15 de maio de 1957, passou a Escola Desdobrada Rodolfo Zipperer e pelo Decreto 9203 de 25/06/1970 a Grupo Escolar Rodolfo Zipperer.
Pela Portaria E 142/88 de 22/03/88, foi autorizado o funcionamento gradativo da 5.ª a 8.ª série do ensino de 1.º Grau, a partir de 1988, bem como também transforma o Grupo Escolar em Escola Básica Rodolfo Zipperer.
Pela Portaria E 444/92, de 11/12/1992 e em conformidade com o Parecer n.º 308/92 do Conselho Estadual de Educação, autoriza o funcionamento do Curso de Ensino Médio de Educação Geral, transformando em Colégio Estadual Rodolfo Zípperer a Escola Básica Rodolfo Zípperer.
Pela Portaria E/17 de 28/03/2000, altera o nome dos estabelecimentos de ensino da rede pública estadual, passando então o Colégio Estadual Rodolfo Zípperer a denominar-se Escola de Educação Básica Rodolfo Zípperer, por atender alunos da Educação Infantil, Ensino Fundamental e Médio.
O Corpo Discente é formado por 541 alunos sendo que a Unidade atende os Ensinos Fundamental e Médio nos turnos matutino, vespertino e noturno. No Ensino Fundamental - anos iniciais conta-se com 09 turmas e nos anos finais 07 turmas. No Ensino Médio 06 turmas e atividades extra curriculares 03 turmas. Os dados do IDEB do ano de 2005 no Ensino Fundamental- anos iniciais foi de 3,7(três vírgula sete), e Ensino Fundamental – anos finais de 3,1(três vírgula um). No ano de 2007, obtivemos nos anos iniciais o índice de aprendizagem de 4,3(quatro vírgula três), e nos anos finais 3,3(três vírgula três). Com o objetivo de aumentar o índice do IDEB está sendo desenvolvido os planos de ações do PDE Escola. Em relação ao ENEM no ano de 2008, dos 36 alunos matriculados, apenas 11 realizaram a prova obtendo média geral de 43,89(quarenta e três vírgula oitenta e nove).
A clientela desta Unidade Escolar tem suas origens nas diferentes classes sociais, com toda sua bagagem cultural. Contamos com alunos oriundos de famílias bem estruturadas, que acompanham a vida escolar de seus filhos; entretanto a grande maioria, pertence a famílias desestruturadas, trazendo consigo sérios problemas familiares e sociais; resultando muitas vezes em desmotivação; elevada taxa de repetência e evasão escolar. Alcoolismo, consumo de drogas, prostituição são problemas enfrentados constantemente pela Unidade Escolar.
A função primordial da educação formal é a formação científica, política e filosófica dos seus alunos, tornando claro a importância do docente na formação do futuro cidadão, assim como uma nova visão de mundo, onde a descoberta de novas tecnologias, o acesso ao saber e ao conhecimento extrapolam o ambiente escolar; estão influenciando e redefinindo qual tipo de ser humano a ser formado para o mundo que queremos habitar.
